다만 현 시점에서는 특례시의 권한확대에 대해서 부정적 의견도 있기에 단계별로 접근해 나가는 것이 필요하다. 우선 지방시대위원회내에서 ‘특례시 분권협상’의 제도화를 마련하여 특례시 해당 지자체를 위한 별도의 협상테이블 마련 및 정례화가 필요하다.
현재 특례시의 일반구청(자치구가 아닌 구)에서는 제주특별자치도 행정시와 일본 대도시의 행정구 사례처럼 구청의 권한과 기능을 확대할 수 있도록 행정안전부에서 제도적 보장 및 지원이 요청된다. 마지막으로 장기적으로는 법적 근거에 바탕을 둔 특례시 제도의 제도화 및 규정 마련을 위해서 행정수요 및 특수성을 반영한 특별법 추진이 시급하다.